1898年由商务印书馆出版的《马氏文通》是汉语语法学的奠基之作,对中文的语法、乃至中国语言的整体研究,具有划时代的意义,这自不待言。除此之外,正如当代著名语言学家吕叔湘在1980年为这本书再版写序言时所指出的,马建忠的作品并不限于语法学方面的贡献。《文通》收集了大量的古汉语例句,大约有七千到八千句,留下了珍贵的史料。其次,作者不以分类和举例为满足,他尝试指出其中的规律。例如,疑问代词作宾语,位置在动词之前;否定句里代词作宾语,位置在动词之前等等,都是本书第一次系统地论述的。再如,作者不愿意把自己局限在严格意义的语法范围之内,常常涉及修辞。《文通》以典范的文言文为研究对象,取材于四书、春秋三传、《史记》、《汉书》及韩愈诗文,但体系模仿西方传统的语法学,是迄今为止中国极为罕见的比较语法学著作。