《周易》与针灸学关系甚为密切,对针灸有着重要的指导意义。子午流注是一种针灸时间医学疗法的古典针法。其特点在于依十二经脉经气盛衰开合的时机取穴。方法是用天干、地支进行推算,子午流注的原理在于人体十二经,气血的盛衰变化是依于昼夜阴阳二气的消长盛衰变化的规律。即夜半为子时,子为至阴,阴极一阳生,子时则气升;清晨为卯时,阴渐消阳渐长;日中为午时,午时为至阳,阳极一阴长,午时则气降;黄昏为酉时,阳渐消,阴渐长。阴阳的消长盛衰变化是《周易》的精髓。《周易》认为阴阳二气的变化根源于乾坤日月的运转,针灸子午流注即根据《周易》及《内经》阴阳盛衰消长原理,认为经气在人体中的盛衰流注与昼夜日月运转相应,从而掌握经气的周期性盛衰开合进行取穴,这也是《内经》生物钟原理及干支纪时的发挥。