侯景继续猛攻台城。而守卫城门的临贺王萧正德早已投靠了侯景,开城把叛军放入,台城沦陷。侯景掌权后,萧衍虽在表面上受制于他,但内心极为不平。侯景想让其党羽宋子仙出任司空,萧衍说:“调和阴阳,怎可用此物?”侯景又请让他的两位同党任便殿主帅,也被拒绝。侯景不能强迫萧衍,心里甚感忌惮,太子萧纲曾入宫觐见,流泪劝谏,萧衍却说:“谁让你来的!如果社稷有灵,还可恢复;如果不是这样,何必流泪!”侯景派手下的兵卒入直省中,有的人赶着驴马,带着弓刀,在宫廷中随意进出。萧衍询问原因,直阁将军周石珍回答:“这是侯丞相的卫兵。”萧衍听后大怒,斥责周石珍道:“是侯景,为什么管他叫丞相?”左右侍从都很害怕。自此以后,萧衍的要求也大多不能被满足,日常饮食供给也被减少。年迈的萧衍忧愤交加,从此一病不起。萧衍躺在台城皇宫净居殿,便在饥渴交加中逝世,享年八十六岁。