海洋深处,波妞的父亲藤本正将生命之水滴到海里,他的梦想是重现远古时代的海洋。鱼类女孩波妞趁着藤本不注意偷偷溜出来,游到了海边的一个小镇边,在这里她遇到了人类男孩宗介,宗介把她带回来了家。藤本悄悄尾随着他们……