日本是历史上最早想以政治和军事力量进占台湾岛的国家,1539年日本商人纳屋助左卫门在大员设有据点,1593年丰臣秀吉派商人兼海盗原田孙七郎,携带《高山国招谕文书》,抵达台湾岛,劝原住民头目臣服日本,却找不到“高山国”的踪影。1604年朱印船船长山田长政有停泊于台湾岛的纪录,曾去“哆啰满”采金,也曾攻击鸡笼的原住民。1609年德川家康派“岛原藩”有马晴信到台湾岛探勘地形,建立与中国往来的贸易据点,并寻找原住民酋长,要求纳贡称臣。其舰队登陆台湾岛北部,却与原住民发生冲突,日本人死伤惨重,最后只俘虏原住民数人而不了了之。1616年德川家康再派长崎“代官”村山等安率兵至台湾岛北部,其中1艘船有200名兵员登陆,被原住民武力团团围住,断粮断水,全数被迫自杀。1639年德川幕府下达日本史上第五次《锁国令》,禁止日本人到台湾岛,从此日本与台湾岛,不再有往来。