六世达赖喇嘛的结局各史料记载不一。按照清朝官方的说法,仓央嘉措于11月15日行至青海道附近得病圆寂,按照乱臣的处置方法,将尸体抛弃在野外。当时西藏官方亦称其在青海湖附近的公噶瑙尔圆寂。不过,有不少人怀疑他遭到了谋杀 不过,与官方史料记载截然不同的是,其他资料中却普遍记载着仓央嘉措逃脱的说法。其中一种说法是:康熙帝派人至西藏调停和硕特汗与西藏格鲁派的关系,因拉藏汗种种诋毁,钦差无可奈何,只得邀请仓央嘉措去北京辩解。行至青海地界时,康熙帝降旨责备钦差办理不善。正在钦差进退维谷的时候,仓央嘉措主动舍弃了达赖喇嘛的名位,决意遁去。钦差只得以途中得病圆寂、依照乱臣之法弃尸于野上报。此后,他游历印度、尼泊尔,以及康区、卫藏、安多、甘肃、蒙古等地,弘扬佛法。松巴·益西班觉、达木却嘉木苏(《蒙古政教史》作者)、法尊法师,以及才旦夏茸、却太尔、多识仁波切等现代学者都认同这种说法。