面对如潮的电子乌贼,人类城市危在旦夕,墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时,“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离,后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体,回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后,守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡,而尼奥却在找到先知之后一无所获。