所谓三科法门,就是阴、界、入。“阴”是五蕴,即色、受、想、行、识。“入”就是十二入,就是身外六尘(色、声、香、味、触、法)、身内六门(眼、耳、鼻、舌、身、意)。“界”是十八界,就是六尘、六门和六识。自性能够含藏宇宙间一切事物、现象等法,所以叫作含藏识。如果生起分别思量心,就是转识。