马蹄寺石窟建于东晋十六国时期的北凉(匈奴政权),距今已逾1600年,最早为汉传佛教寺院,后来逐渐成为藏传佛教寺院,属于藏传佛教格鲁派青海东科尔寺的属寺。参观石窟时有不少藏传佛教元素。令人惋惜的是最近一次大规模破坏发生在文革时期,石窟佛像、壁画破坏殆尽。