《御天之剑》设定在所有萨尔达系列游戏时间轴的最开端,传说中三位创世神祇在创造世界後留下了力量强大的三角神力,只要得到它的人就可以达成任何自己的愿望。魔族之主终焉者为了得到三角神力而对海拉鲁大地发动侵略战争,海利亚女神为了防止终焉者取得三角神力,而将仅存的人类集结在一块巨石上并将石头送到天空之中。女神与亚人们的联合军之後成功的封印了终焉者,但海拉鲁大地因战争被魔物占据而满目疮痍。几千年後,当初送上天空的巨石成了浮岛天空洛夫特,但天空洛夫特的人们早已遗忘了太古战争的往事。 在现代的天空洛夫特上,林克为一名飞行骑士学院的学生,并且和天空洛夫特村长女儿萨尔达为好朋友,但林克也常常遭到喜欢萨尔达的巴多的欺负。就在林克从学院毕业的那天,萨尔达在与林克乘洛夫特飞鸟出游的途中被一股不明的黑暗力量绑架。这时海利亚女神铸造的传说圣剑精灵「法伊」出现在林克面前,告诉林克他就是海利亚女神预言中的勇者,并带领着他