却朱嘉措的同母异父弟巴丹益西为第六世班禅额尔德尼。乾隆四十五年(1780年),六世班禅进京祝贺皇帝七十寿辰,因病在承德去世。皇帝赐予班禅的大量金银,被六世班禅的另一位兄弟扎什伦布寺总管仲巴呼图克图(也是却朱嘉措的兄弟)占为己有。为此却朱嘉措前往廓尔喀,劝说廓尔喀出兵入侵后藏,劫掠扎什伦布寺的财宝