《使命召唤6:现代战争2》的故事将延续前作《使命召唤4:现代战争》结束的后几年,俄罗斯又再次陷入政治上的纷扰不安。伏拉米尔.马卡洛夫(Vladimir Makarov)这位和伊姆兰.扎哈夫(ImranZakhaev)恐怖组织有关连的粗暴领袖,策划了一连串即将危及世界安全的阴谋。而在前作中绰号为“肥皂(Soap)”的麦克塔维许(MacTavish)中士,现在已经晋升到上尉了,他仍继续在为“英国特别空勤团(SAS)”效力,其合作单位是美国海军之“海豹突击队(SEAL)”,同时他还带领着一支“141特战队”(Task Force141)。在经历一连串可怕的恐怖攻击事件后,他将继续带领这支特战队出动前往俄国,以解除当地危急的情势。