在中东六日战争期间的1967年6月8日,以空军4架喷气战斗机和以色列海军机动鱼雷艇组成的部队对自由号发动了袭击。这次由空海联合发动的袭击造成了自由号34名船员(海军军官、士兵、两名海军陆战队员和一名美国国家安全局文职雇员)死亡,171名船员受伤,自由号也严重受损。 事后以色列就此次袭击事件道歉,称自由号技术研究船被在当时被飞行员误认为是埃及船只而遭到误击。 以色列和美国政府都进行了调查并发布了报告,得出的结论是,由于以色列对这艘船的身份做出了错误识别导致了这次误袭。但也有部分人,包括经过这次袭击的幸存者,拒绝接受或认可这一结论,并坚称袭击是以色列方面故意的。