非洲起源说的另一部分,才是真正的人类起源,即认为人类起源于非洲的南方古猿,后来进化为能人、直立人、匠人等,非洲直立人180万年前走出非洲,全世界才有了古人类,非洲直立人后来进化为非洲智人。这些都是通过古人类化石分析得出的结论,跟分子生物学、DNA基因分析没有关系。