该馆始建于1962年2月,与厦门市郑成功纪念馆同时创立。初设于郑成功祠。1982年,旅港同胞吕振万先生发起并捐资开始兴建新馆于石井镇鳌峰山上。新馆分两期建造;首期工程(第一殿)由吕振万先生独资兴建,1982年10月竣工;后期工程1982年年底动工,1987年年底竣工,由吕振万、余新河等两位爱国港胞捐资兴建。新馆(廖承志题写馆名)是三进宫殿式建筑,占地面积3000余平方米,建筑面积2790平方米。新馆依山傍海,恢弘雄伟;林荫掩映,环境优美,空气清新宜人。纪念馆左侧还建有郑成功碑林,其碑廊占地2000多平方米。纪念馆管理区范围(现由3米多高的大围墙围绕着)6万多平方米。