以后,大小金川之间常有冲突。到18世纪60年代,金川局势再度紧张。乾隆三十一年(1766年),清廷派四川总督阿尔泰联合九家土司会攻大金川,小金川土司僧格桑(泽旺子)却与大金川土司索诺木(莎罗奔侄孙)联合反清。乾隆三十六年(1771年)清军败绩,清廷又将阿尔泰革职,派温福入川督师,向金川进兵,第二次金川之役由此开始。乾隆三十八年(1773年),温福战死,清廷又派阿桂为将军,增兵金川。经多次血战,清军于乾隆四十一年(1776年)初取胜。历时五年、死伤逾万人、耗银7000万两的第二次金川之役至此结束。