第二乐章中两个具有对比性的主题交替更迭,该乐章依然是奏鸣曲式(这是没有展开部的奏鸣曲式,一个安静的、充满戏剧性挽歌般扩展结尾,可以归纳为展开部的结束)。热情奔放的第一主题由圆号、低音弦乐器、铜管乐器以及高音弦乐器以对位法演奏。在第一小提琴以C小调安静地拉出由四个不太和谐的音符经过变调后的主音和弦以后,哀怨的第二主题开始在小调上呈现,先是C小调独奏单簧管接下来是升C大调独奏双簧管,大小调并行是舒伯特和声音乐语言的一个标志。 整个管弦乐队的戏剧性结束的旋律,回到了升C小调,最终在D♭大调上结束(和升C大调基本等音)。一个简短的变调又使得乐曲回到E大调主音,进行旋律重述。值得注意的是第二主题的再现是在A小调的次属音上进行,替代了期待中和主音并行的E小调。第二主题再现由双簧管开始,单簧管紧随其后。结尾部分以一个新的旋律开始,经过第一小提琴和木管乐器的变调演绎之后,乐曲在E大调上结束。