是在前作大约一年后,莱莎等人生活的库肯岛附近突然出现了神秘群岛。这些岛屿对库肯岛的控制装置产生了负面影响。莱莎一行人便前往神秘群岛调查,并在岛上见到一扇巨大的谜样门扉。莱莎他们相信门后可以找到拯救库肯岛的方法,于是踏上了关于「钥匙」与「炼金术根源」的宏大冒险之旅,队伍成员会多达 11 人,本作中可享受本系列最高级别的多人数冒险。不仅能再次见到前作中登场的角色们,还有作为故事关键人物的新角色登场。而且本作中的开放式原野由多个地图无缝连接而成,无需载入地图即可自由移动。是炼金工房系列最高级别的原野,带来更加充满生机且自由的冒险体验。