《木卫四协议》的故事背景设定为2320年的木星死亡卫星木卫四。雅各布·李因受命运的捉弄而被关进了黑铁监狱,这是一座位于木星卫星木卫四中安全等级最高的监狱。在同狱犯人变成极为可怕的怪异生物那一刻起,整个监狱便陷入了混乱。为了生存下去,雅各布必须不断战斗来保证自身安全,并逃离黑铁监狱,与此同时还要揭开木卫四中暗藏的黑暗可怕秘密。