在前作中的灯塔精神医院事件发生後,赛巴斯汀·卡斯特拉诺警探虽将他的经历向警察局报告,却被认为是精神错乱的在编造故事而被开除。他虽持续寻找线索,但因一无所获而变得沮丧,只能绝望地整日沉溺於酗酒之中。直到三年後,[5]当年与他一同经历事件的新人女警,同时也是秘密结社莫比乌斯组织特务的茱莉·基曼(Juli Kidman)现身告诉他,他多年前身陷火警而被认定死亡的女儿莉莉,实际上仍活着,但是被莫比乌斯作为测试对象而暗中掳走。[6] 莫比乌斯是一个动机不明的公司。为了实现让世界「和平与秩序」的目标,莫比乌斯创造了连接人类的心灵并分享彼此精神的装置「STEM系统」,意图让所有人的意识连在一起来创造一个能让所有人都幸福的心灵世界,而灯塔精神医院事件是以鲁维克大脑为主系统的初始主机,最後以失败收场。而三年後莫比乌斯决定以纯真无邪的心灵为核心来建构新一代的STEM系统,他们选择使用适合率测验最高的莉莉,并