李子坝站体共分三层,上层为站台层,下层为站厅层,中间层为设备层,站点共有两个出口:A出口及B出口。A出口位于建筑一层,李子坝正街南侧,通过六层电动扶梯及楼梯与6楼的站厅层相连;B出口位于整栋建筑的8楼,与站台层同层,位于桂花园路北侧。A出口附近设有公交站(轨道李子坝站),方便出站人群换乘;B出口由于地形限制,便于站点周边的居民可以快捷地到达车站。由于站点的A、B出口分别在整栋建筑的两侧,当通过该两个出口分别进入站体内部后,会分别位于轨道的两侧,如果乘坐反方向的列车,需要下到站厅层换行至轨道对面站台