裴圩始建于明末清初。裴圩土地原来是洪泽湖的一部分,因黄河决口,洪水以排山倒海之势,直泻湖内,随水而下的泥沙聚集成滩,逃荒的人陆续到此居住,称其为“兴滩湖”。在抗日战争和解放战争时期,裴圩镇是泗阳县民主政府所在地。新中国成立后,黄圩区公署也设在这里。后体制多变,区、社、乡并分频繁,1983年撤社划乡,建立了裴圩乡、黄圩乡。2000年,裴圩乡、黄圩乡、良种场三乡镇场合并,成立现在的裴圩镇。