在东京某个位于西国立市的神社内,有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现,用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害;与此事件同时,大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现,被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地,专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名,首脑化名“义经”,部下则以“弁庆”为首,各自以家将姓名相称。另一方面,小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃,寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像,因而请来了小五郎帮忙。瞬间躲过袭击的柯南,看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次,同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀