年轻的万历皇帝起初对张居正言听计从，但随着时间的推移，他越来越感到自己的权力被架空，皇帝的不满情绪日益增长，但他不得不承认张居正的能力，这种矛盾心理成为日后清算张居正的伏笔。 张居正的改革虽然惠及百姓，但执行过程中也不可避免地造成了许多负面影响，一些地方官员为了完成上交任务，加重了对普通百姓的盘剥，导致部分地区民怨沸腾，给了张居正的对手攻击他的口实。 李太后对张居正的支持是他能够推行改革的重要保障，然而，这种关系也使得朝中其他势力有了发难的方法，一些人开始散布谣言，质疑张居正与太后的关系。 这种情形在我们现代人看来匪夷所思，但是在现实的古代朝堂上，却随时都会上演。 张居正去世后，积压已久的矛盾终于爆发，那些曾经被他打压的人纷纷站出来，揭露张居正的"罪行"，万历皇帝借机发难，开始了对张居正及其家族的清算。 许多曾经支持张居正的官员被牵连，有的被削职，有的甚至丢了性命，最惨的得是张居正的家人，张家十几口人活生生的被饿死，骸骨还被野狗啃食个干净。