故事的主线围绕着波妞展开。她是一条生活在海洋深处的小金鱼,但她不满足于这样的生活,一心想要变成人类女孩。在一次冒险中,波妞偶然被困在一个玻璃瓶里,幸运的是,被5岁的宗介救了出来。宗介把她带回家,并给她取名为“波妞”。在与宗介相处的过程中,波妞逐渐喜欢上了人类的生活,并坚定了变成人类的愿望。然而,她的父亲藤本,一个曾经是人类、如今掌控海洋魔法的神秘人物,却极力阻止波妞的愿望,因为波妞的行动可能引发自然界的混乱。