五世达赖喇嘛在北京期间住在西黄寺,其间,他亲自为顺治帝及其后妃、皇子、诸王等皇家人士灌顶。次年,他以水土不服为由,经内蒙古凉城县返回西藏。顺治帝又加封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”,并赐金册金印,承认达赖喇嘛藏传佛教领袖地位。康熙帝即位后,每年派官员携带皇帝亲笔信前往西藏,探望达赖喇嘛和班禅喇嘛。