蒙古各部几十年来一直信奉西藏的格鲁派,也就是黄教,黄教信仰在蒙古人中已经根深蒂固。但林丹汗听从了红教的劝说,决定改宗红教,这使得右翼蒙古各部的分离倾向加剧。林丹汗对,科尔不听号令的右翼各部发动了进攻,各部不敌,纷纷投向后金。而面对林丹汗的威胁沁部和内喀尔喀也彻底抛弃了林丹汗,与努尔哈赤结成了同盟,林丹汗真正成了孤家寡人。 皇太极继位后,开始主动向林丹汗发动进攻。同时,大明崇祯帝即位后,也改变了对察哈尔蒙古的策略,取消了每年给林丹汗的赏赐,关闭了边境贸易,怒不可遏的林丹汗大举进攻明朝边境,这样,林丹汗不仅失去了蒙古各部,同时也失去唯一的盟友大明。