班禅最早让索南饶丹的个人才能得到公开显现并为格鲁派教内所认可的是在四世达赖云丹嘉措转世灵童的认定与坐床上。公元1616年12月15日,年仅28岁的四世达赖云丹嘉措在哲蚌寺圆寂。他的去世,打破了一段时间以来噶玛噶举派和格鲁派在政关系,而四世达赖又是蒙古土默特部的子嗣,因此,索南饶丹没有费太大劲就说服了土默特部出兵西藏。1621年,在索南饶丹的陪同下,青海土默特部的拉尊穷哇洛桑丹增和洪台吉率领两千人马在和其他反对藏巴汗军队会合后,与藏巴汗彭措南杰军队在拉萨江塘岗展开交锋。这一次,由于彭措南杰患天花突然离世,丹迥旺波在仓促中继承藏巴汗位,后藏军队最终大败,残部被围困在药王山。为了避免政权覆灭,