中性理论是反对自然选择理论的,因为如果接受自然选择理论,基因变异受自然选择影响,基因变异的速率就不是随机和恒定的,就无法推导出遗传多样性最高是由于基因变异早进化时间长造成的结论,出非洲说进化树的根部单倍型就搞错了。