却图汗派出精锐相助藏巴汗,结果不但父子反目,更是引来了卫拉特蒙古联军的绞杀,最终死于固始汗之手。眼见反格鲁派联盟元气大伤,固始汗率先南下消灭了白利土司。在五世达赖的配合下,固始汗又进兵后藏,推翻了第悉藏巴政权,建立起蒙藏僧俗贵族联合统治的和硕特汗国。 河湟方面,西宁守军与李自成起义军反复拉锯,最终因势单力薄,先后归于大顺和清廷管辖。五世达赖奉召觐见顺治帝,得到了象征着藏传佛教最高领袖地位的达赖喇嘛尊号。固始汗在青藏高原的军政地位,也得到了清帝顺治的认可。