陕西、甘肃地区的回乱基本安定后,在左宗棠剿抚并用的政策下,大部分回族领袖领导的叛军要么归顺反正,要么被剿灭并另行安置,唯独以极端分子白彦虎为首的回族叛军残部继续西逃,进入新疆地区。并继续与新疆的维族和回民联合叛乱,库车、和阗、喀什、吐鲁番等地区先后落入叛军手中。