在陕西回乱爆发之后,甘肃的回民很快响应。由于甘肃驻扎的清军数量不多,很快除了兰州和少数几个城市外,差不多整个甘肃都被回民军队占领。而清军直到回乱兴起6年后,也就是在基本平定了陕西回乱之后,1868年才由左宗棠率领进入甘肃平叛。这6年间,甘肃的汉人被大量屠杀。