南澳大桥全天24小时开放通行,并对通行车辆收取通行费,收费标准为一类车48元/车次、二类车72元/车次、三类车96元/车次、四类车144元/车次、五类车168元/车。货车另按计重收费,收费模式采用单向收取车辆双程通行费。