真觉寺位于元代大护国仁王寺的中央部分。大护国人王寺的规模十分宏大,是元至元七年(1270年)为八思巴帝师所建。至元十七年(1280年)八思巴逝世后,在护国仁王寺内"建大窣堵坡",收藏他的真身舍利。基部石台座四周还保存着中统三年(1262年)八思巴致忽必烈皇帝的藏文新年祝辞(《吉祥海祝辞》)的雕刻。元初时此塔可能称为"庆安塔",据研究,当时基座上是一座大型的覆钵式塔。元末大护国仁王寺的建筑及塔因战乱废毁。关于真觉寺兴建的缘起,文献中没有明确而详尽的记载,比较通用的说法是,明永乐年间,尼泊尔高僧室利沙(也称为板的达,五明板的达,哈里麻,葛哩麻)来到北京,向明成祖进献了五尊金佛像和菩提伽耶大塔的图纸,明成祖赐建真觉寺,并下诏为金佛建塔,成化九年(1473年)十一月建成。金刚宝座塔是依据西域来的印度僧人室利沙的图纸修建的。至于此塔是为室利沙修建还是仅仅为了压过前朝的王气一直存有争议。 清末,一场大火,只有金刚宝座塔保留下来。