海军高级电子工程专科学校前身为海军通信学校,海军通信学校最早于1950年12月在安庆组建成立海军联合学校第3分校。 1952年7月,根据军委命令,海军联合学校分别从南京和安庆搬迁到青岛, 1957年9月改编为海军通信学校。 1960年10月海军通信学校从青岛迁往太原黄楼沟。 1962年3月至1964年8月,分批迁往锦州。1969年2月海军通信学校撤销。 1974年5月,以第2海军学校4大队为基础,从武汉整体搬迁至太原,组建太原海军通信学校。 1979年3月,太原海校升格为海军高级电子工程专科学校,成为山西当时唯一一所全国重点大学。 1986年6月,海军高级电子工程专科学校更名为海军电子工程学院。 1989年10月,海校迁至南京浦口,结束了在太原15年历史。 1999年6月,武汉海军工程学院和南京海军电子工程学院合并组建海军工程大学,海军电子工程学院(海军高电专)又重新回到武汉。