文久三年(1863年),新選組成立,局长为芹泽鸭。不久,天然理心流剑士为肃清组内败类,斩杀芹泽鸭,并由近藤勇出任新選組局长,土方岁三任副长。元治元年(1864年),长州藩维新志士在京都池田屋秘密集会。因为消息泄露,池田屋遭新選組袭击。这就是震惊日本的“池田屋事件”。庆应二年(1866年),在坂本龙马的努力下,萨摩藩跟长州藩同盟,维新力量日趋壮大。庆应四年(1868)年,戊辰战争爆发,幕府军节节溃败。戊辰战争后,新選組残部在土方岁三的带领下,向东北投奔会津藩,与其他佐幕军队一起,继续抵抗维新政府。