企业打印个税完税证明的方法需要遵循法规和政策规定,同时考虑提高员工满意度和信任度以及发现和解决税务管理问题。单独打印个税完税证明更加符合现代企业管理理念和合规要求,但在具体实施中需要根据企业自身情况和政策规定制定更加具体的操作方案。