高楼林立的纽约市、繁华喧嚣的布鲁克林大桥、夜深人静的街道，而在这座城市的地下，正是这座城市的英雄——忍者神龟的秘密基地。神龟们冲出下水道井盖，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了......
