策妄阿拉布坦改了路数，不在南疆设教主大汗，囚禁了大批神职人员

对于南疆的管理，策妄阿拉布坦与他的叔叔噶尔丹不同。 策妄阿拉布坦这个人的心思更为缜密，而且经过噶尔丹时期对南疆的控制，策妄阿拉布坦也看出了一些弊病，因此策妄阿拉布坦是彻底改变了对南疆的管理方式。 以前不是任命一个教主、一个汗王吗？那么现在，我什么教主啊、汗王啊都不任命，而是直接任命伯克来统治南疆各城，也就是一个城任命一个地方官员，没有总扛把子了，直接都归准噶尔人指挥。 那么这些汗王啊，教主啊怎么办？ 全部去伊犁，也就是统统软禁在伊犁，别回来了。而且即使是各城的伯克，也都派一个儿子过来当人质。