元朝时,沧浪亭废为僧居。元仁宗延祜年间(1314年-1320年)僧宗敬在沧浪亭遗址上建妙隐庵,庵西侧即南禅寺。惠宗至正间(1341年-1368年),僧善庆在妙隐庵东侧建大云庵,一名结草庵,为南禅集云寺之别院。明沈周、杨君谦常栖息于此。明洪武二十四年(1391年),诏以宝昙和尚居南禅集云寺时,将妙隐、大云二庵并至南禅集云寺。成化十二年(1476年)十月十三日寺毁于火。主僧德本谋图复兴而力不足,后经苦心筹备十寒暑,始建大雄宝殿。嘉靖十三年(1534年)郡守胡缵宗将妙隐庵改筑韩蕲王祠。大云庵自正德以来三十二年间,几经兴废。嘉靖二十五年(1546年)僧人文瑛复建沧浪亭。清康熙二十三年(1684年),江宁巡抚王新命在沧浪亭遗址内建苏公祠。三十四年(1695年)宋荦抚吴时,寻访子美沧浪亭遗迹,已是灰飞烟灭。于是即谋规复,并构亭于山之巅,又得文征明隶书“沧浪亭”三字作揭诸楣。名为重修,实同再创。但园规模已逊于宋代,不复有水北及南部旷地。