东风-25可以携带高爆弹头(HE)、反装甲子母弹药(BAT)、燃烧空气弹药(FAE)以及专门用于毁伤电子设备的电磁脉冲弹药(EMP)。该导弹用更多的新型制导与分导手段,并增加诱导弹头,修改原有的弹头设计的模式,采用“隐形战术弹头”概念,以减少弹头在实施分导开始阶段的“雷达反应红外线”特征,使得东风-25导弹更加难以拦击。