支付折扣或佣金是合法的，前提是如实入账。

湖北发布医疗卫生机构防范商业贿赂行为合规指引，划清了合法折扣行为与非法折扣行为的界限。经营者可以明示交易相对方支付折扣，或向中间人支付佣金，折扣或佣金必须如实入账，接受折扣、佣金的单位（个人）应按财会制度如实入账。医疗卫生机构行为人不得在账外暗中收受回扣，包括附赠的现金、实物等。