再一次回到仙境后,白皇后希望爱丽丝借助时空魔球回到过去去拯救疯帽子匠全家。而被流放外域的红皇后也与“时间”结盟,并暗中计划偷取时空魔球。得到时空魔球的爱丽丝开始与各个朋友和敌人在仙境不同的时间点上交错,并且与红皇后和时间本人在时间的海洋上展开了一场奇妙的追逐。