南京分院系统现有10家法人研究机构,其中空间天文领域有紫金山天文台、国家天文台南京天文光学技术研究所、南京天文仪器有限公司3家单位;资源环境领域有南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所3家单位;高技术领域有苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所、赣江创新研究院 3 家单位;江苏省中国科学院植物研究所为院省共管单位。 南京分院系统拥有3个国家重点实验室、2个国家工程实验室、17个野外工作台站,其中5个为国家级野外台站。