某日小兰和柯南一起跟随毛利小五郎乘坐新干线前往京都参加朋友的婚礼,帝丹三傻当然也不会错过这次旅程,第一次乘坐新干线的少年侦探团们异常兴奋,没想到柯南遇到了两位之前给他灌下毒药的“黑衣人”,于是他便开始暗中观察,想找机会找回能让自己恢复身体的解药。柯南尾随两位黑衣人来到了列车餐厅,其中一名黑衣人手提黑色提包,看见他们好像在等什么人,于是他就赶紧回到车厢将窃听器用口香糖粘在“黑衣人”的座椅底下,但被小兰发现了,幸好步美随机应变,把窃听器放在了黑衣人座椅上的烟灰缸里。柯南在楼梯口正面遇上两位黑衣人,才发现自己认错了人。然而柯南用眼镜窃听到了两个黑衣人的谈话,得知黑色提包里有遥控炸弹。柯南通过分析将目标锁定在了4名嫌疑人身上:土豪男、老大爷、美女、IT男。究竟炸弹在谁的手提包里……