工藤新一被黑暗组织的人打晕并灌下毒药(APTX4869)后身体变小,他急急忙忙赶回家中,为了防止黑暗组织知道自己还没死的消息,并保护自己和小兰等人,新一在阿笠博士的帮助下化名江户川柯南并希望能住进毛利侦探所。在小兰和柯南回侦探事务所的途中,柯南差点就要告诉小兰自己就是工藤新一,但被终于接到案件的毛利小五郎打断,柯南听毛利小五郎说案件可能跟黑衣人有关,便一同跟着到了案发现场,名侦探柯南能否顺利破获这起“真假”绑架案件?柯南能否住进侦探事务所呢……