真嗣沉睡在初号机内14年,并且被NERV封印在卫星轨道上。由幸存者的美里他们组织的新组织WILLE,派出2号机改和8号机去夺取初号机。 回到地面的真嗣感受到大家对他的敌意,还很不理解。随着知道了14年前自己的所做所造成的后果,他沮丧不已。 新同伴渚薰告知有挽回办法,真嗣疯狂尝试,结果却中了他父亲的圈套,拯救再次变成了毁灭。渚薰用上了自己的生命来为真嗣填坑,这让真嗣更加心灰意冷。