2000年,在被称为“第二次冲击”的大灾害中,地球上近半数的人类失去了生命,世界各地一片狼藉。15年后,人类已经重建了家园,而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。 14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市,见到久别重逢的儿子,碇元渡并无半句温存的问候,而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。