德军总部这部游戏主要讲德军又挖到了以前毁灭thule的黑太阳,打算将其作为能源普及到德军的武器中。男猪脚BJ深入德军总部探寻德军黑太阳力量的水晶罗盘以及面纱水晶,随后又拿到了时间,护盾,力量水晶。BJ摧毁了黑太阳的研究所,杀死已经拥有了黑太阳的力量泽塔将军。BJ一路战斗, 利用flak38高射炮将防御很强的queen geist打伤,一个遥控炸弹将其终结。BJ继续追捕死颅将军,来到了黑太阳世界,与汉斯格罗斯配备了最新的战斗服和水晶罗盘战斗。BJ和汉斯经过了三次水晶的共振连着战斗服把汉斯格罗斯杀死,这样的能量还毁掉了了黑太阳机器,引爆了这个世界的出口。这样德军再也无法使用黑太阳的能量了。死颅一边骂着BJ一边逃跑,BJ也跳伞从齐柏林飞艇离开。