失去了三只小恐龙,心奇痛苦不已,一心想要把三只小恐龙救回来。这时复博士告诉心奇,美杜莎是用时空水晶让三只小恐龙消失的,如果从她手上夺回时空水晶,也许就能让三只小恐龙回来了。于是心奇和来到的罗拉、小豪、海月立马去寻找美杜莎,势要夺回时空水晶。另一边,美杜莎在公园企图强行激发时空水晶的力量。这时心奇几人通过小霸王龙成功找到美杜莎,连忙让小恐龙们变身去抢夺时空水晶,美杜莎派出变异兽迎战。在战斗的过程中,美杜莎依然无法使用时空水晶的力量,气急之下,美杜莎将时空水晶喂给了变异兽,试图让它强化,打败心奇四人。不料吞下时空水晶的变异兽虽然变得更大,但却也变得更加狂暴,甚至失控不再听从美杜莎的命令,还一口将美杜莎吞掉!